
Javier «El Vasco» Aguirre ha sido de los mejores directores técnicos en la historia de México, donde llego a dirigir en países como; España, Emiratos Árabes. También tomo las riendas de las selecciones nacionales de México, Japón y Egipto. En los últimos días se ha sido el tema en los medios deportivos, por que después de 19 años, dirigirá de nuevo a un equipo mexicano. Los Rayados de Monterrey será su tercer club mexicano al mando de la dirección técnica.
El comienzo de su carrera como técnico, comenzaría con el Atlante FC, llegaría después de la destitución de Ricardo La Volpe por sus malos momentos en el equipo y su posible descenso. Javier Aguirre comenzaría el 2 de febrero de 1996, con el Atlante, solo dirigió el final de la temporada, fueron 11 partidos que estuvo al mando de los potros, que conseguiría dos victorias, cuatro empates y cinco derrotas. Dejo al Atlante en el penúltimo lugar de la tabla pero salvando la permanencia en la primera división.
Javier Aguirre regreso a México luego de haber estado en España, luego de 2 años, que paso estudiando. Pachuca fue el equipo con el que tendría su segunda aventura técnica. Javier Aguirre sustituye a Andrés Fassi del equipo de Pachuca. donde en el primer torneo dirigido de Aguirre en los Tuzos, ganaría un solo partido, empataría otro y perdería cinco encuentros. El equipo de Pachuca le daría continuidad, donde en el Verano 99 salvo al Pachuca del descenso a falta de una jornada por jugar.
En el Invierno 99 la historia seria diferente, Pachuca quedaría en lugar de repechaje para un boleto para jugar liguilla, donde eliminaría a Morelia, tras un empate 4 a 4, que los goles de visita lo metían a cuartos, ahí en cuartos eliminaba al campeon de verano 99, Toluca tras un 3 a 2 en el global. En las semis jugaría contra Atlas venciéndolo 2 a 1, que conseguían boleto a su primera final. En la Final se coronarían contra Cruz Azul con un 3 a 2 venciendo a Cruz Azul. Después de un año en el equipo, Aguirre conseguía el primer Titulo de los Tuzos como también su primer titulo como entrenador.
En el verano 2000, Aguirre no conseguía guiar al Pachuca para defender el titulo, quedaba en la posición 16 de la liga. En el Inverno 2000, Aguirre dejaba al Pachuca en la 4ta posición de la liga al Pachuca, pero seria eliminado en la liguilla por Morelia en los cuartos de final. Para el Verano 2001, se quedaría en 6 posición y clasificaba a liguilla directa. En liguilla eliminaría a Monterrey por un 6 a 2 en el global, Al América le metería 6 goles que lo encaminaba a la final. En la final Pachuca ganaba la ida pero en la vuelta Santos le dio la vuelta y conseguía el primer subcampeonato Tuzo.
Debido a los resultados positivos logrados con el Pachuca, fue contactado por la Selección Mexicana para tomar las riendas de esta luego de los malos resultados de Enrique Meza frente al Tri. Desde ese momento hasta los finales del 2020, Javier Aguirre no fue director técnico de un club mexicano.
